在河蟹养殖过程中，病害防治要始终坚持“预防为主，防治结合、防重于治”的原则。重在预防，重点要抓好关键季节、关键生长阶段的病害防治工作。
1、干塘后清整消毒。一般在当年12月至翌年元月份这个阶段进行。池塘淤泥较深的塘口，首先要进行清理淤泥及修整环沟；其次药物消毒，首选药物生石灰与漂白粉，最好是池塘加满水后全塘泼洒，用量：生石灰掌握在100-150公斤亩，漂白粉20-50公斤亩，同时生石灰能起到改善池塘土壤理化性状与增加水体钙质的作用。不赞成用清塘灵等有机类药物。
2、养殖过程中把握好几次杀虫消毒的时机。第一、二、三次河蟹脱壳后，应进行杀虫、消毒，间隔时间大体上是一个月左右一次，对池塘进行一次杀纤毛虫病、鳃病、烂肢腐壳病等病害，根据以往脱壳时间，一般第三次脱壳期在5月下旬6月上旬。
3、6月底开始一般要进入梅雨季节，梅雨季节的防病工作对河蟹来说至关重要，应对池塘水体连续1-2次消毒，梅雨季节湿度大，温度适宜，光照不足，非常有利于有害病菌大量繁殖滋生，因此，这一阶段的杀菌消毒必须措施到位，确保养殖水体病菌量少，河蟹健康无病害做到高温来临之际河蟹安全度夏。5-6月份在饵料中拌服2-3个疗程的防病内服药，如预防肠炎、抖抖病之类的有效药物，一般内服药疗程为5-7天，做到内服外消。进入高温季节，防病工作重点在维护好池塘良好的生态环境。
4、不失时机地进行肥水培藻和应用微生态制剂。河蟹第一、二次脱壳不遂和进入高温季节河蟹发生病害死亡是影响河蟹成活率的主要原因。前期脱壳不遂主要是低温，阴雨天较多，高温季节连续高温天气多，针对这样的恶劣天气，应采取适当的措施。前期应利用晴好天气及时肥藻培水，在河蟹大量脱壳前期水体泼洒含钙、维生素之类的抗应激产品，进入高温季节前，病害防治措施要到位，高温期间应尽量避免环境突变。定期使用微生态制剂，使水体内有益菌形成优势种群，从而抑制病菌的大量繁殖。天气突变时期，使用抗应激之类的产品，降低河蟹的应激反应，增强其免疫能力，促进河蟹健康生长。
5、在药物使用上严禁使用国家规定的禁用药物，同时要考虑水产品的休药期，在养殖后期尽量不适用药物，确保河蟹质量安全。
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