灰霉病 该病在田间大量发生时，往往造成叶枯，最后导致植株枯死。在高湿情况下，叶背病斑部可见灰色霉状物，为病原菌的分生孢子。
防治百合灰霉病的关键是注意通风，不能密植，宜采用滴灌方式供水。在容易发病的季节，因连续使用单一药剂可能导致病原菌发生抗药性，故可用下列药剂轮流使用，即70%速克灵1000倍液、50%的扑海因可湿性粉剂1000～1200倍液、75%百菌清可湿性粉剂600倍液喷雾，每隔7～10天喷施1次。
疫病 该病可造成百合茎部、花器枯萎腐败及全株萎凋死亡。
防治百合疫病的关键是避免连作，筑高畦以利排水。发病时切勿沟畦灌溉，发病初期可参考下列药剂轮流使用，即80%百菌清可湿性粉剂600倍液、80%代森锰锌可湿性粉剂500倍液、58%瑞毒霉可湿性粉剂1000倍液及70%敌克松600倍液，每隔7～10天1次。
茎腐病 该病主要是由镰孢菌为害种球、鳞片及茎部造成的，当百合种球及鳞片受害后，植株生长矮化且叶片呈现淡绿色。
由于本病害为土传播性真菌病害，可采用与水稻轮作的方式进行防治。亦可将土壤经淹水两个月及曝晒后再行种植，以避免镰孢菌危害。同时可用50%复方硫菌灵800倍液或70%敌克松可湿性粉剂500倍液，每7天喷雾1次。
青霉病 该病主要是在贮藏期间危害鳞茎、叶、茎。贮藏期间，在鳞片腐烂斑点上首先长出白点，然后会长出绒毛状的绿兰色的真菌。
防治本病可用50%扑海因可湿性粉剂500倍液浸泡10分钟，捞出晾干后贮藏。同时应尽可能不要种植那些基盘已被侵害的鳞茎。贮藏期以－2℃～2℃的温度范围内为宜。
叶片焦枯 叶片焦枯是百合生理性病害，首先是幼叶稍向内卷曲，数天之后，焦枯的叶片上出现绿黄色至白色的斑点。若叶片焦枯较轻，植株还可继续正常生长；但若植株焦枯严重，白色斑点可转变成褐色，伤害病害发生处，叶片弯曲。当植株吸水和蒸发之间的平衡被破坏时较易出现叶片焦枯，这是吸水或蒸腾不足引起幼叶细胞缺钙的结果。
该病防治方法要注意三点：1.对危害根系的病虫害要有效地控制，种植前应使土壤湿润；2.要种植具有良好根系的鳞茎，种植深度要适宜，在鳞茎的上方应有6～10cm的土层；3.尽量保持相对湿度在75%左右，防止过速生长和过度的蒸腾。
缺铁 幼叶叶脉间的叶肉组织呈黄绿色，尤其是生长迅速的植株。植株越缺铁，叶片将变得越黄。若确保土壤排水良好，土壤PH5.5～7.0，可预防缺铁。若植株缺铁，可根据植株的颜色，对缺铁植株喷施1～2次螯合态铁，即EDTA-Fe。
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